Перевірки гіпотез

Кейс-стаді зі статистичного мислення

Justin Bois

Lecturer, Caltech

Вплив мутації на активність

1 Дані надано Avni Gandhi, Grigogios Oikonomou та David Prober, Caltech
Кейс-стаді зі статистичного мислення

Визначення генотипів

  • Дикий тип: Без мутацій

  • Гетерозигота: Мутація на одній із двох хромосом

  • Мутант: Мутації на обох хромосомах
Кейс-стаді зі статистичного мислення

Вплив мутації на активність

1 Дані надано Avni Gandhi, Grigogios Oikonomou та David Prober, Caltech
Кейс-стаді зі статистичного мислення

Вплив мутації на активність

1 Дані надано Avni Gandhi, Grigogios Oikonomou та David Prober, Caltech
Кейс-стаді зі статистичного мислення

Перевірка гіпотези

Оцінка того, наскільки правдоподібні спостережені дані за умови, що гіпотеза істинна

Кейс-стаді зі статистичного мислення

p-value

Ймовірність отримати значення вашої статистики тесту, що не менш екстремальне, ніж спостережене, за умови, що нульова гіпотеза істинна

Кейс-стаді зі статистичного мислення

Статистика тесту

  • Єдине число, що обчислюється зі спостережених даних і зі змодельованих за нульової гіпотези

  • Слугує основою для порівняння
Кейс-стаді зі статистичного мислення

p-value

Ймовірність отримати значення вашої статистики тесту, що не менш екстремальне, ніж спостережене, за умови, що нульова гіпотеза істинна

Потрібно чітко визначити:

  • Нульову гіпотезу, яку можна моделювати
  • Статистику тесту, що обчислюється зі спостережених і змодельованих даних
  • Визначення «не менш екстремальне, ніж»
Кейс-стаді зі статистичного мислення

Процес перевірки гіпотез

  • Чітко сформулюйте нульову гіпотезу
  • Визначте статистику тесту
  • Згенеруйте багато наборів змодельованих даних, припускаючи, що нульова гіпотеза істинна
  • Обчисліть статистику тесту для кожного змодельованого набору даних
  • p-value — це частка змодельованих наборів, для яких статистика тесту не менш екстремальна, ніж для реальних даних
Кейс-стаді зі статистичного мислення

Специфікація тесту

Нульова гіпотеза: довжини активних періодів у дикого типу та гетерозигот розподілені однаково

Статистика тесту: Різниця середніх довжин активних періодів між гетерозиготами та диким типом

Не менш екстремальне, ніж: Статистика тесту більша або дорівнює спостереженій

Кейс-стаді зі статистичного мислення

Пермутаційний тест

Для кожної реплікації:

  • Перемішайте мітки точок даних
  • Обчисліть статистику тесту
perm_reps = dcst.draw_perm_reps(
    data_a, data_b, dcst.diff_of_means, size=10000
)

p-value — це частка реплікацій, не менш екстремальних за спостережене значення

p_val = np.sum(perm_reps >= diff_means_obs) / len(perm_reps)
Кейс-стаді зі статистичного мислення

Давайте потренуємось!

Кейс-стаді зі статистичного мислення

Preparing Video For Download...