Görüntü verisi

Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi

Stephen Bailey

Instructor

Biyomedikal görüntüleme: yüzyılı aşan keşif

$$1895$$

Wilhelm Röntgen tarafından. - [1], Kamu Malı, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=5059748

$$2017$$

Mikael Häggström tarafından - Kendi çalışması, CC0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=61722886

Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi

Kurs hedefleri

Görüntü İş Akışı

Araç kutusu

  • ImageIO
  • NumPy
  • SciPy
  • matplotlib
Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi

Görüntü yükleme

  • imageio: görüntü oku ve kaydet
  • Image nesneleri NumPy dizileridir.
import imageio.v2 as imageio
im = imageio.imread('body-001.dcm')

type(im)
imageio.core.Image
im
Image([[125, 135, ..., 110],
       [100, 130, ..., 100],
        ...,
       [100, 150, ..., 100]], 
          dtype=uint8)
Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi

Görüntü yükleme

  • Her boyut için değerleri belirterek diziyi dilimle.
im[0, 0]
125
im[0:2, 0:2]
Image([[125, 135],
       [100, 130]], 
       dtype=uint8)
Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi

Meta veriler

  • Meta veriler: görüntü elde etmenin kim, ne, ne zaman, nerede ve nasıl'ı

  • meta sözlük niteliği ile Image nesnelerinde erişilebilir

im.meta
im.meta['Modality']
im.meta.keys()
Dict([('StudyDate', '2017-01-01'),
      ('Modality', 'MR'),
      ('PatientSex', F),
      ...
      ('shape', (256, 256)])
'MR'
odict_keys(['StudyDate', 
            'SeriesDate', 
            'PatientSex',
             ...
             'shape'])
Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi

Görüntü çizdirme

  • Matplotlib'in imshow() işlevi 2B görüntü verisini gösterir

  • Birçok renk haritası var, ama genelde gri tonlu (cmap='gray') gösterilir

  • Eksen işaretleri ve etiketleri görüntüler için çoğunlukla faydalı değildir

import matplotlib.pyplot as plt

plt.imshow(im, cmap='gray')
plt.axis('off')
plt.show()

koronal-dilim

Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi

Hadi pratik yapalım!

Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi

Preparing Video For Download...