Nesneler ve Etiketler

Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi

Stephen Bailey

Instructor

Segmentasyon bir resmi parçalara ayırır

hücre-segmentasyonu

beyin-segmentasyonu

Sunnybrook Kardiyak Veritabanı

Ejection fraction: kalbin sol karıncığından (LV) pompalanan kan oranı.

ejeksiyon-fraksiyonu-çizimi

Kardiyak görüntü

Görüntü bileşenlerini etiketleme

kardiyak-2d-maske

Görüntü bileşenlerini etiketleme

import scipy.ndimage as ndi
im=imageio.imread('SCD4201-2d.dcm')
filt=ndi.gaussian_filter(im, 
                         sigma=2)
mask = filt > 150

labels, nlabels = ndi.label(mask)

nlabels

plt.imshow(labels, cmap='rainbow')
plt.axis('off')
plt.show()

etiketli-hücreler

Etiket seçimi

Görüntüde tek bir etiketi seç:

np.where(labels == 1, im, 0)

Bir etiket

Görüntüde birden çok etiketi seç:

np.where(labels < 3, im, 0)

İki etiket

Nesne çıkarımı

Sınır kutusu (bounding box): bir nesneyi tamamen saran piksel aralığı
ndi.find_objects() sınır kutusu koordinatlarının bir listesini döndürür

etiketli-görüntü-sınır-kutuları-ile

Nesne çıkarımı

labels, nlabels = ndi.label(mask)
boxes = ndi.find_objects(labels)

boxes[0]

(slice(116,139), slice(120, 141))

çoklu-görüntü-kutuları

Hadi pratik yapalım!

Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi