Morfolojiyi ölçmek

Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi

Stephen Bailey

Instructor

Morfoloji

Keating, Steven. (2014) tarafından - Keating, Steven. (2014). 2007 ve 2014'te astrositom hastasının MRG kafatası kesitleri. Zenodo. doi:10.5281/zenodo.16852, CC0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=39593095

Uzamsal kapsam

Uzamsal kapsam, şu ikisinin çarpımıdır:

Her bir elemanın kapladığı alan
Dizi elemanlarının sayısı

kalp-3d-görüntü

# Voksel başına hacmi hesapla
d0, d1, d2 = vol.meta['sampling']
dvoxel = d0 * d1 * d2

# Etiket voksellerini say
nvoxels=ndi.sum(1, label, index=1)

# Etiketin hacmini hesapla
volume = nvoxels * dvoxel
volume

Mesafe dönüşümü

orijinal üzerindeki-mesafe-bindirmesi

Öklidyen Mesafe

# Sol karıncık maskesi oluştur
mask=np.where(labels == 1, 1, 0)
# Voksel cinsinden
d=ndi.distance_transform_edt(mask)

d.max()

12.3847

# Uzay cinsinden
d=ndi.distance_transform_edt(mask,
    sampling=vol.meta['sampling'])
d.max()

5.8038

Kütle merkezi

com=ndi.center_of_mass(vol,
                       labels, 
                       index=1)

com

(5.5235, 128.0590, 128.0993)

plt.imshow(vol[5], cmap='gray')
plt.scatter(com[2], com[1])
plt.show()

kütle-merkezi

Hadi pratik yapalım!

Python ile Biyomedikal Görüntü Analizi