DE analizine genel bakış

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Veri kümesini/soruyu gözden geçir

fibroz deneyi

DE analizine genel bakış

DESeq2 iş akışı

DESeq2 iş akışı - model

DESeq2 iş akışı: Model

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

deseq nesnesi

DESeq2 iş akışı: Tasarım formülü

örnek_metadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment

DESeq2 iş akışı: Tasarım formülü

örnek_metadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment

DESeq2 iş akışı: Çalıştırma

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

DESeq nesnesi

Hadi pratik yapalım!

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq