DESeq2 için verileri düzenleme

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2'ye veri alma: örnek sırası

Metadata meta_unordered

Ham sayımlar counts_ordered

DESeq2'ye veri alma: örnek sırası

rownames(wt_metadata)

 [1] "wt_normal3"  "smoc2_fibrosis2" "wt_fibrosis3"  "smoc2_fibrosis3" "smoc2_normal3"   "wt_normal1"     
 [7] "smoc2_normal4"  "wt_fibrosis2"  "wt_normal2"  "smoc2_normal1"  "smoc2_fibrosis1" "smoc2_fibrosis4"
[13] "wt_fibrosis4"  "wt_fibrosis1"

colnames(wt_rawcounts)

 [1] "wt_normal1"  "wt_normal2"  "wt_normal3"  "wt_fibrosis1"   "wt_fibrosis2"    "wt_fibrosis3"   
 [7] "wt_fibrosis4"  "smoc2_normal1"  "smoc2_normal3"  "smoc2_normal4"   "smoc2_fibrosis1" "smoc2_fibrosis2"
[13] "smoc2_fibrosis3" "smoc2_fibrosis4"

DESeq2'ye veri alma: örnek sırası

all(rownames(wt_metadata) == colnames(wt_rawcounts))

FALSE

Vektörler arasında sırayı eşleştirme

match() fonksiyonunu kullanma:

match(vector1, vector2)

vector1: istenen sıradaki değerlerin vektörü

vector2: yeniden sıralanacak değerlerin vektörü

çıktı: vector2'yi vector1 ile aynı sıraya koymak için gereken indeksler

match(colnames(wt_rawcounts), rownames(wt_metadata)

6   9   1   14  8   3   13  10  5   7   11  2   4   12

match() çıktısıyla yeniden sıralama:

idx <- match(colnames(wt_rawcounts), rownames(wt_metadata))

reordered_wt_metadata <- wt_metadata[idx, ]

View(reordered_wt_metadata)

Yeniden sıralanmış metadata

all(rownames(reordered_wt_metadata) == colnames(wt_rawcounts))

TRUE

Yeniden sıralanmış metadata

Sıralı sayımlar

DESeq2 nesnesi oluşturma

# Create DESeq object
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

deseq nesnesi

Hadi pratik yapalım!

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq