RNA-Seq DE analiz özeti

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

iş akışı

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

RNA-Seq hazırlık

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

KK

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

RNA-Seq İş Akışı: Ham veri kalite kontrolü

Dizilim kontaminasyonu

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Hizalama

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

RNA-Seq İş Akışı: Hizalama

Hizalama2

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Miktarlandırma

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

RNA-Seq İş Akışı: Miktarlandırma

sayımlar

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Tam iş akışı

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Diferansiyel ifade analizi için hazırlık: DESeq2 nesnesi

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

sayımlar verisi

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Hadi pratik yapalım!

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Preparing Video For Download...