RNA-Seq İş Akışı

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

RNA-Seq İş Akışı: RNA-Seq Deney Tasarımı

  biyolojik tekrarlar

  • Teknik tekrarlar: Genelde teknik varyasyon düşüktür; bu yüzden gerekmez.

  • Biyolojik tekrarlar: RNA-Seq farklı ifade analizlerinin başarısı için kritiktir. Ne kadar çok tekrar o kadar iyi; en az 3 olmalı.

  • Batch etkileri: Mümkün olduğunca kaçın ve tüm deneysel değişkenleri not et.

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

iş akışı

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

RNA-Seq hazırlığı

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

KK

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

RNA-Seq İş Akışı: Kalite kontrol

Dizileme kalitesi

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Hizalama

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

RNA-Seq İş Akışı: Hizalama

Genoma hizalama

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Sayım

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

RNA-Seq İş Akışı: Sayım matrisi

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

Sayım matrisi

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Tam iş akışı

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

örnek sonuçlar

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Tam iş akışı

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Sıra sende!

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Preparing Video For Download...