Denetimsiz kümeleme analizleri

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Mary Piper

Instructor

DESeq2 iş akışı - KG

Denetimsiz kümeleme analizleri: log dönüşümü

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)

ısı haritası örneği

Korelasyon ısı haritalarıyla hiyerarşik kümeleme

# Nesneden vst matrisini çıkar
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Çiftler arası korelasyon değerlerini hesapla
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

korelasyon matrisi

Korelasyon ısı haritalarıyla hiyerarşik kümeleme

# pheatmap kütüphanesini yükle
library(pheatmap) 

# Isı haritasını çiz
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))

Korelasyon ısı haritalarıyla hiyerarşik kümeleme

wildtype ısı haritası

Hadi pratik yapalım!

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq