Temel bileşen analizi

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

PCA örneği

Temel bileşen analizi (PCA): Kuram

pca 2 örnek

Temel bileşen analizi (PCA): Kuram

pc2

Temel bileşen analizi (PCA): Kuram

PC etkisi

Temel bileşen analizi (PCA): Kuram

PCA etkisi

Temel bileşen analizi (PCA): Kuram

PCA etkisi

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5

PCA örnek değerleri

pca örneği

Temel bileşen analizi (PCA): Kuram

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

pca_DESeq2

Hadi pratik yapalım!

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq