Bioconductor 中 S4 的角色

R 中的 Bioconductor 入門

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

優點

CRAN，簡單但強大
彈性高、可互動
使用泛型函式
功能取決於第一個引數
例：plot() 與 methods(plot)

缺點

型別與命名規則驗證不佳（dot 還是 not dot？）
繼承可行，但依賴輸入

S4

優點

類別的正式定義
Bioconductor 可重用性
具型別驗證
命名規範

範例：myDescriptor <- new("GenomeDescription")

缺點

結構較 S3 複雜

是 S4 還是不是？

判斷物件是否為 S4

isS4(myDescriptor)

TRUE

S4 物件的 str 會以 Formal class 開頭

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

S4 類別定義

類別描述一種表徵：

name
slots（方法／欄位）
contains（繼承定義）

MyEpicProject <- setClass(# Define class name with UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Define slots, helpful for validation
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Define inheritance        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

物件摘要

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

一起來練習吧！

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