為何關心序列樣式？

R 中的 Bioconductor 入門

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

序列樣式

樣式能找到什麼？

基因起始
蛋白質終止
強化或抑制基因表現的區域
物種間的保守區域
遺傳變異

樣式比對

Biostrings 提供樣式比對的函式
matchPattern(pattern, subject)
- 1 個字串對 1 個字串
vmatchPattern(pattern, subject)
- 1 組字串對 1 個字串
- 1 個字串對 1 組字串

回文序列

never odd or even

findPalindromes() # find palindromic regions in a single sequence

這不是新發現的生物學

遺傳密碼於 1963 年由 Nirenberg 首度描述。 On the coding of genetic information Nirenberg, Marshall et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1963, 28
轉譯如何因閱讀框不同而改變，於 1966 年由 Streisinger 首度提出。 Frameshift Mutations and the Genetic Code Streisinger, George et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1966, 31: 77-84

# Original dna sequence
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC

# 6 possible reading frames, DNAStringSet
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 1     
[2]    30 GGCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 1     
[3]    29  CATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 2     
[4]    29  GCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 2     
[5]    28   ATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 3     
[6]    28   CTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 3

# 6 possible translations, AAStringSet
[1]    10 TWAYHGSYEA                                 + 1     
[2]    10 GFVAPMVGPC                                 - 1     
[3]     9 HGPTMGATK                                  + 2
[4]     9 AS*LPW*AH                                  - 2
[5]     9 MGLPWELRS                                  + 3
[6]     9 LRSSHGRPM                                  - 3

茲卡病毒的保守區域

茲卡方塊圖改作自 From Mosquitos to Humans: Genetic Evolution of Zika Virus Wang, Lulan et al. Cell Host & Microbe 2016, Vol 19 5: 561-565

重點

茲卡病毒為正股 RNA 基因體
棲息於人類、猴子與蚊子
屬於黃病毒科，並共享 11 個保守蛋白

一起來練習吧！

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