基因體資料集的生物學導論

R 中的 Bioconductor 入門

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

生命界的生物

R 中的 Bioconductor 入門

DNA_parts

R 中的 Bioconductor 入門

基因體組成

  • 遺傳資訊的 DNA 字母表
  • 一組染色體（數量高度變動）
  • 基因（攜帶遺傳指令）
    • 編碼與非編碼
  • 蛋白質（負責特定功能）
    • DNA→RNA（轉錄）
    • RNA→蛋白質（轉譯）
R 中的 Bioconductor 入門

酵母

  • 單細胞微生物
  • 人們喜愛的真菌 ♥
  • 用於發酵：啤酒、麵包、克非爾、康普茶、生物修復等
  • 學名：Saccharomyces cerevisiae，簡寫 S. cerevisiae

酵母

R 中的 Bioconductor 入門

BSgenome 註釋套件

# 載入套件並將資料存到 yeast
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# 其他可用的基因體
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...
R 中的 Bioconductor 入門
length(yeast)

17

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779
R 中的 Bioconductor 入門

擷取序列

  • getSeq(): BSgenome 的 S4 方法
# 取得整個基因體序列
getSeq(yeast)


# 取得染色體 M 的序列
getSeq(yeast, "chrM")


# 取得前 10 個鹼基
getSeq(yeast, end = 10)
R 中的 Bioconductor 入門

一起來練習吧！

R 中的 Bioconductor 入門

Preparing Video For Download...