物件與標籤

Python 的生醫影像分析

Stephen Bailey

Instructor

分割把影像切成多個部分

細胞分割

腦部分割

Sunnybrook 心臟資料庫

Ejection fraction：左心室（LV）每次收縮射出的血液比例。

射血分率示意

心臟影像

標記影像元件

心臟 2D 遮罩

標記影像元件

import scipy.ndimage as ndi
im=imageio.imread('SCD4201-2d.dcm')
filt=ndi.gaussian_filter(im, 
                         sigma=2)
mask = filt > 150

labels, nlabels = ndi.label(mask)

nlabels

plt.imshow(labels, cmap='rainbow')
plt.axis('off')
plt.show()

已標記細胞

標籤選取

在影像中選取單一標籤：

np.where(labels == 1, im, 0)

單一標籤

在影像中選取多個標籤：

np.where(labels < 3, im, 0)

兩個標籤

物件擷取

邊界框（bounding box）：完全包住物件的像素範圍。
ndi.find_objects() 會回傳邊界框座標的清單。

含邊界框的標記影像

物件擷取

labels, nlabels = ndi.label(mask)
boxes = ndi.find_objects(labels)

boxes[0]

(slice(116,139), slice(120, 141))

多個影像框

一起來練習吧！

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