量化強度

Python 的生醫影像分析

Stephen Bailey

Instructor

量化強度

以下是單一時間點的心臟時間序列標記：

左心室
中央區域

含標記的心臟 2D 影像

函式一覽

`scipy.ndimage.measurements`

ndi.mean()

ndi.median()

ndi.sum()

ndi.maximum()

ndi.standard_deviation()

ndi.variance()

可對所有維度計算的函式，也可指定標記區域。

自訂函式：

ndi.labeled_comprehension()

呼叫量測函式

import imageio.v2 as imageio
import scipy.ndimage as ndi
vol=imageio.volread('SCD-3d.npz')
label=imageio.volread('labels.npz')

# 全部像素
ndi.mean(vol)

3.7892

# 已標記像素
ndi.mean(vol, label)

89.2342

# 標記 1
ndi.mean(vol, label, index=1)

163.2930

# 標記 1 與 2
ndi.mean(vol, label, index=[1,2])

[163.2930, 60.2847]

物件長條圖

hist=ndi.histogram(vol, min=0, max=255, bins=256)

obj_hists=ndi.histogram(vol, 0, 255, 256, 
                        labels, index=[1, 2])
len(obj_hists)

物件長條圖

plt.plot(obj_hists[0], 
   label='Left ventricle')
plt.plot(obj_hists[1], 
   label='Other labelled pixels')
plt.legend()
plt.show()

長條圖繪製

含多種組織的長條圖會出現多個峰值
分割良好的組織，其長條圖常近似常態分佈

一起來練習吧！

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