空間轉換

Python 的生醫影像分析

Stephen Bailey

Instructor

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多腦影像陣列

三影像配準

轉換示例

偏移的頭部影像

import imageio.v2 as imageio
import scipy.ndimage as ndi

im=imageio.imread('OAS1036-2d.dcm')
im.shape

(256, 256)

com = ndi.center_of_mass(im)

d0 = 128 - com[0]
d1 = 128 - com[1]

xfm = ndi.shift(im, 
          shift=[d0, d1])

ndi.rotate(im,
           angle=25,
           axes=(0,1))

旋轉的頭部影像

xfm = ndi.rotate(im, angle=25)

xfm.shape

(297, 297)

旋轉後改變尺寸

xfm = ndi.rotate(im, angle=25, 
              reshape=False)
xfm.shape

(256, 256)

旋轉後維持尺寸

轉換矩陣：對單一影像施加以進行配準。

矩陣元素編碼不同仿射轉換的「指令」。

含四種轉換的影像

# 單位矩陣
mat = [[1, 0, 0],
       [0, 1, 0],
       [0, 0, 1]]

xfm = ndi.affine_transform(im, 
                           mat)

原始影像

# 平移與縮放
mat = [[0.8, 0,   -20],
       [0,   0.8, -10],
       [0,   0,   1]]
xfm = ndi.affine_transform(im,
                           mat)

轉換後影像

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