DE 分析總覽

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

回顧資料集／研究問題

纖維化實驗

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DESeq2 工作流程

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

DESeq2 工作流程－模型

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

DESeq2 工作流程：模型

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

DESeq 物件

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DESeq2 工作流程：設計公式

範例中介資料

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

DESeq2 工作流程：設計公式

範例中介資料

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
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DESeq2 工作流程：執行

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

DESeq 物件

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一起來練習吧！

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