讀數正規化

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

正規化流程

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

讀數正規化

正規化方法

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

Library depth 正規化

正規化方法

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

正規化方法

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

Library 組成效應

RNA 組成－正規化

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DESeq2 正規化

median of ratios 範例

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

正規化讀數：計算

dds_wt <- estimateSizeFactors(dds_wt)

sizeFactors(dds_wt)

size factors

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正規化讀數：擷取

normalized_wt_counts <- counts(dds_wt, normalized=TRUE)

View(normalized_wt_counts)

normalized_counts

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一起來練習吧！

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