差異表現分析

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

差異表現分析：DESeq2 使用說明

vignette(DESeq2)

DESeq2 vignette

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使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

DESeq2 workflow

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

匯入 DESeq2 所需資料

# Read in raw counts
wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv") 
View(wt_rawcounts)

fibrosis wt counts

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匯入 DESeq2 資料：中繼資料（metadata）

# Read in metadata
wt_metadata <- read.csv("fibrosis_wt_metadata_unordered.csv") 
View(wt_metadata)

fibrosis wt metadata

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一起來練習吧！

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