RNA-Seq 差異表現分析總結

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

工作流程

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RNA-Seq 製備

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品管

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RNA-Seq 流程：原始資料品質控管

序列汙染

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定序比對

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RNA-Seq 流程：比對

定序比對2

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定量

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RNA-Seq 流程：定量

計數

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完整流程

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差異表現分析準備：DESeq2 物件

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

計數資料

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一起來練習吧！

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