RNA-Seq 工作流程

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

RNA-Seq 工作流程：實驗設計

  生物重複

  • 技術重複： 技術變異通常很低，多半不需要。

  • 生物重複： RNA-Seq 差異表現分析的關鍵。重複越多越好，至少要有 3 個。

  • 批次效應： 盡量避免，並記錄所有實驗變因。

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工作流程

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RNA-Seq 前處理

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品質控管

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RNA-Seq 工作流程：品質控管

序列品質

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對齊

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RNA-Seq 工作流程：定序比對

對基因組比對

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定量

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RNA-Seq 工作流程：計數矩陣

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

計數矩陣

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完整流程

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範例結果

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完整流程

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交給你囉！

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