非監督式叢集分析

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

Mary Piper

Instructor

DESeq2 工作流程－品管

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

非監督式叢集分析：對數轉換

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

熱圖範例

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以相關性熱圖做階層式叢集

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

相關矩陣

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以相關性熱圖做階層式叢集

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
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以相關性熱圖做階層式叢集

野生型熱圖

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一起來練習吧！

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