主成分分析

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

PCA 範例

主成分分析（PCA）：理論

PCA：2 個樣本

主成分分析（PCA）：理論

PC2

主成分分析（PCA）：理論

主成分影響

主成分分析（PCA）：理論

PCA 影響

主成分分析（PCA）：理論

PCA 影響

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5

PCA 樣本數值

PCA 範例

主成分分析（PCA）：理論

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

pca_DESeq2

一起來練習吧！

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq