檢視結果

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

John Blischak

Instructor

檢視結果

# Create a Venn diagram
vennDiagram(results)

p 值直方圖

• limma 函式 topTable

• 指定對比

  • coef = "dox_wt"
  • coef = "dox_top2b"
  • coef = "interaction"

hist(runif(10000))

火山圖

• limma 函式 volcanoplot

• x 軸：對比族群間的表現量對數摺積變化

• y 軸：差異表現的對數勝算

• 指定對比，如 coef = "dox_wt"

檢定 KEGG 富集

• limma 函式 kegga 與 topKEGG

• 指定對比，如 coef = "dox_wt"

• 以 species = "Mm" 指定小鼠物種

  • Mm == Mus musculus

一起來練習吧！

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析