資料前處理

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

John Blischak

Instructor

doxorubicin 誘發心臟毒性的機制

2x2 設計，研究 doxorubicin 作用機制：
- 2 種基因型：野生型（wt）、Top2b 缺失（top2b）
- 2 種處理：PBS（pbs）、doxorubicin（dox）
- Zhang 等，2012 年

dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析