差異性結合入門

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

比較樣本

  • 兩組樣本：原發腫瘤與抗藥性腫瘤。

想回答的問題：

  • 同組樣本是否整體相似？
  • 不同組樣本是否有差異？
  • 差異是什麼？
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

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ChIP-seq 的 PCA 圖

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
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階層式分群

計算樣本間距離

distance <- dist(t(coverage))

建立樹狀圖

dendro <- hclust(distance)

繪製樹狀圖

plot(dendro)
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熱圖

以峰值的 coverage 資料建立熱圖

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

一起來練習吧！

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