什麼是 ChIP-seq？

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

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在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

資料

  • 攝護腺癌病患
    • 5 個原發性腫瘤樣本
    • 3 個治療抗性樣本
  • ChIP 鎖定雄激素受體（AR）
  • AR 透過結合睪固酮被活化
  • 活化的 AR 調控目標基因的表現
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

在 R 存取 ChIP-seq 資料

  • 載入 BAM 檔
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • 取得讀取座標
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • 計算覆蓋度
coverage(reads)
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

存取峰值呼叫結果

  • 載入 BED 檔
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • 取得峰值座標
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • 取出峰值分數
score(peaks)
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一起來練習吧！

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

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